Le principali cause della scomparsa di questa specie sono l’intensa attività di pesca e i cambiamenti climatici.
Il pinguino africano fa parte della Red List delle razze a rischio estinzione, secondo l'International Union For Conservation of Nature (IUCN): restano attualmente solo 80mila esemplari adulti di questa specie, che sono collocati in Namibia e Sudafrica.
Questa già ridotta popolazione è minacciata sia dall'intensa attività di pesca diffusa, sia dai cambiamenti climatici. Questi ultimi influiscono infatti sull'approvvigionamento dell'animale: l'aumento delle temperature non favorisce la presenza di clorofilla che a sua volta non favorisce la presenza di acciughe e sardine di cui si ciba il pinguino.
Mentre le prede si sono adattate ai cambiamenti spostandosi in altre aree, il pinguino non lo ha fatto trovando quindi enormi difficoltà per cibarsi.
Anche l'inquinamento petrolifero ha spesso minacciato la sopravvivenza di intere colonie, come ad esempio l'affondamento di una nave cargo nella Table Bay, il 23 giugno 1999, che ha quasi sterminato la colonia Robben Island (Città del Capo).
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